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細菌性腦炎根據(jù)感染細菌種類的不同，治療的療程也不一樣，最常見導致腦炎的細菌為肺炎球菌、腦膜炎雙球菌和流感嗜血桿菌B型，其次是金黃色葡萄球菌、大腸桿菌、銅綠假單胞菌等等，結核菌的感染臨床上也比較多見。
如果是肺炎球菌感染，一般治療的療程是兩周，如果是銅綠假單胞菌等革蘭氏陰性桿菌的感染，治療療程是三周。
如果是結核菌感染，根據(jù)病情的輕重和菌株是否耐藥，療程也不相同，輕癥患者的療程一般在9-10個月，如果是利福平的不耐藥菌株療程九個月就可以了，但如果是對利福平耐藥的菌株需要連續(xù)治療18-24個月。