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當人在被阿米巴原蟲污染的水中游泳時，阿米巴病原體通過鼻黏膜沿著沒有髓鞘的嗅神經，突破篩板，從而到達顱內含腦脊液的亞蛛網膜腔，最終擴散入侵中樞神經系統(tǒng)，引起腦膜腦炎。早期因病變侵入部位的原因，首先會出現嗅覺和味覺的異常，然后會出現高熱，癲癇持續(xù)發(fā)作和噴射狀嘔吐等癥狀，繼而可出現全身性的或局限性的癲癇發(fā)作，并且有明顯的腦膜刺激征，比如頸強直，克布氏征陽性等，大多數患者在數天內出現譫妄，癱瘓到昏迷。本病的死亡率非常高，病程很短，一般在一周內死于嚴重腦水腫所引起的呼吸循環(huán)中樞衰竭，預后極差。