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1、體格檢查：檢查全身發(fā)育狀況，有無畸形，包括智力、身高、體重，第二性征發(fā)育情況，有無體格發(fā)育畸形，雙眼眼距是否增寬，甲狀腺有無腫，有無頸蹼，乳房有無溢乳，皮膚色澤及毛發(fā)分布。測量體重、身高，四肢與軀干比例，五官特征。婦科檢查應注意內外生殖器發(fā)育，有無先天缺陷、畸形，其中第二性征檢查有助于鑒別原發(fā)性閉經的病因，缺乏女性第二性征提示從未受過雌激素剌激。
2、功能試驗：包括藥物撤退試驗以及垂體興奮試驗，藥物撤退試驗用于評估體內雌激素水平，以確定閉經程度。藥物撤退性試驗包括孕激素試驗、雌孕激素序貫試驗及孕激素試驗，垂體興奮試驗是為了了解垂體對GnRH的反應性。
3、激素測定：建議停用雌孕激素藥物至少2周后行激素測定，以協(xié)助診斷。包括血甾體激素測定、催乳素及垂體促性腺激素測定，肥胖、多毛、痤瘡患者還需行胰島素、雄激素等測定。
4、影像學檢查：
（1）盆腔超聲檢查：觀察盆腔有無子宮，子宮形態(tài)、大小及內膜厚度，卵巢大小、形態(tài)、卵泡數(shù)目等。
（2）CT或磁共振顯像：用于盆腔及頭部蝶鞍區(qū)檢查，了解盆腔腫塊和中樞神經系統(tǒng)病變性質，診斷卵巢腫瘤、下丘腦病變、垂體微腺瘤、空蝶鞍等。
（3）靜脈腎盂造影：懷疑米勒管發(fā)育不全綜合征時，用以確定有無腎臟畸形。
5、染色體檢查：對原發(fā)性閉經病因診斷及鑒別性腺發(fā)育不全病因，指導臨床處理有重要意義。
6、其他檢查：如靶器官反應檢查，包括基礎體溫測定，懷疑結核或血吸蟲病，應行相應檢查。
7、促性腺激素測定：了解垂體機能，其中又以FSH意義較大。FSH 水平升高可協(xié)助診斷原發(fā)性卵巢功能衰竭，如LH水平升高，但無周期性波動時，可能為多囊性卵巢綜合征。又如生長激素對診斷侏儒癥、PRL對診斷溢乳癥(lactorrhea)均有重要意義。促性腺激素水平正?；蚪档驼撸瑧紤]中樞神經系統(tǒng)及垂體腫瘤。
8、垂體興奮試驗：鑒別垂體及垂體以上的病變。快速靜脈注入LH-RH100μg，注射前15分鐘及注射后45分鐘各測定血清FSH及LH水平，水平上升者，說明垂體功能正常，病變屬中樞性，反之，則病變在垂體。本試驗需反復進行，才能作出判斷。
9、染色體及染色質檢查：原發(fā)性閉經多見于染色體異常者，因此，原發(fā)性閉經及促性腺激素水平增高者，無論有無男性化表現(xiàn)，應常規(guī)檢查染色體核型。在檢查性染色體前，可先作性染色質檢查，如<6%～10%者，再作染色體檢查。