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1、體格檢查：查看患者有無畏光、流淚癥狀，檢查患者視力情況。
2、衣原體分離培養(yǎng)：診斷衣原體感染的金標(biāo)準(zhǔn)。四種衣原體均可用雞胚卵黃囊接種分離，分離陽性率為20%~30%，可用于初代培養(yǎng)但費(fèi)時較多，較適宜用以恢復(fù)衣原體毒力，用細(xì)胞培養(yǎng)分離衣原體是目前分離衣原體最常用的方法。
3、結(jié)膜細(xì)胞學(xué)檢查：此方法是實(shí)驗室檢查沙眼衣原體最傳統(tǒng)的方法，沙眼細(xì)胞學(xué)的典型特點(diǎn)是可檢出淋巴細(xì)胞、漿細(xì)胞和多形核白細(xì)胞。結(jié)膜刮片后行Giemsa染色可顯示位于核周圍的藍(lán)色或紅色細(xì)胞漿內(nèi)的包涵體。
4、分子生物學(xué)方法：原位雜交法檢測宮頸或直腸活檢標(biāo)本中沙眼衣原體DNA，也可用PCR法檢測，可明顯提高檢測敏感性，且可用于鑒定其血清型。