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房間隔缺損屬于先天性心臟病的一種，對于先天性心臟病而言，目前沒有確切的一對一病因。一般認為與妊娠早期接觸有毒、有害物質(zhì)，還有電離輻射、病毒感染等因素有關(guān)系，并且有些危險因素可以增加先心病的發(fā)生幾率，例如吸煙及二手煙等。
目前發(fā)現(xiàn)有些保護性因素，例如補充葉酸、妊娠早期注意維生素的攝入等，對預(yù)防先心病有一定的作用。先心病的發(fā)生也可能與基因或者染色體有關(guān)，并有家族距離傾向，例如孩子的父親或者母親是先心病，孩子發(fā)生先心病的幾率可能會增加，一個孩子是先心病，再生產(chǎn)的孩子患先心病的幾率可能也會增加。不過需要強調(diào)先心病不具備遺傳病的遺傳特點和傳遞特點，先心病不是遺傳病。