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通常吃進去的益生菌自身在腸道內繁殖生長需要一定時間，一般如果有輕度菌群失調情況，可能吃腸道益生菌2-4周即可。但如果有嚴重菌群失調情況，如菌群失調是因應用抗生素所致，在補充益生菌的同時還在應用抗生素，邊補充邊破壞的情況下益生菌使用時間更長，通常可能需要3-6個月。

益生菌是對人體非常有益的一類微生物，吃益生菌的目的主要是為幫助腸道內失調的菌群重新建立起正常平衡狀態(tài)。人體內含細菌菌量非常大，所以要想完全靠吃進去的益生菌達到腸道內正常菌群的建立不現實也不可能。

吃的益生菌藥物菌種比較單一，一般只含有一種，最多含有3-4種。所以要想讓所有益生菌都能夠達到平衡狀態(tài)，可能還要序貫補充多種益生菌，這樣才能起到很好的效果。