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MRSA感染一般首選萬古霉素進行治療，萬古霉素本身存在腎毒性，若患者存在腎功能不全，則不能使用萬古霉素，或者其他原因不能應用萬古霉素者，可以應用替考拉寧、利奈唑胺或達托霉素。
但應用替考拉寧時需要注意，如果感染部位在中樞神經(jīng)系統(tǒng)，替考拉寧因為不能透過血-腦屏障，故不用于中樞神經(jīng)系統(tǒng)感染的治療。另外，因為達托霉素可以被肺泡表面活性物質(zhì)水解，故一般不用于肺部感染治療。對于存在左心心內(nèi)膜炎者，一般也不用達托霉素治療，而對于右心的感染性心內(nèi)膜炎，可以選擇達托霉素治療。應用利奈唑胺時，因長時間使用可以引起血小板下降，故在應用上述比較常用針對MRSA的抗菌藥物時要注意患者的不良反應。