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兒童自閉癥的形成原因至今還不是十分清楚，醫(yī)學界尚沒有得出比較明確的結論，目前傾向于是由多種不良因素共同作用的結果，如遺傳因素、腦結構異常、不良的環(huán)境因素，影響了兒童正常腦發(fā)育與功能的發(fā)揮。目前還有以下假說：
1、氧化應激假說，認為是顱內的過氧化物增多，抗氧化能力降低。
2、免疫異常，包括母孕期和兒童出生后免疫功能的異常。
3、腦一腸軸假說，認為是腸道菌群失調導致了免疫功能異常，營養(yǎng)轉化吸收困難，影響了兒童神經系統發(fā)育。
4、興奮抑制假說，谷氨酸和γ－氨基丁酸失衡，導致腦功能異常。
5、神經肽類假說，包括催產素、精氨酸、垂體加壓素、褪黑素的異常。
6、內源性大麻素假說。
7、離子通道異常假說。
8、營養(yǎng)缺乏假說，包括葉酸、維生素D、維生素B族等，因為外源性或者內源性的原因導致缺乏。
9、如重金屬污染、空氣污染等誘發(fā)因素，母孕期的一些不利因素，如母親先兆流產史、孕期的病毒感染、吸煙、服用了某些藥物、情緒不穩(wěn)，胎兒出生時有缺氧、窒息，后天的環(huán)境，小兒大腦發(fā)育的關鍵期有些不良的環(huán)境因素，環(huán)境的污染影響了孩子的腦發(fā)育等。