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一般賁門癌并不是一種遺傳性疾病，即使父母患有賁門癌，子女也不一定會得肛門癌，但是在賁門癌的發(fā)病原因和發(fā)病機制當中，仍然存在著一些遺傳因素的影響。有研究發(fā)現賁門癌的發(fā)生具有一定的家族聚集的傾向，這可能與共同的飲食習慣和生活環(huán)境有關，同時遺傳因素也占有重要的地位。
有賁門癌家族史的人患有賁門癌的幾率也明顯的高于普通的人群，賁門癌的家族聚集傾向，通常認為與血緣關系關系更大，之后才是共同生活史。在賁門癌的病人當中，可以檢測到癌基因的異常激活和抑癌基因的失活，這些都可能會導致賁門癌。