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通常以下幾種情況選擇做免疫組織化學(xué)染色：
第一、用于鑒別診斷腫瘤的組織學(xué)類型。在臨床中一些低分化或未分化的惡性腫瘤，由于腫瘤細(xì)胞缺乏分化特征，常常難以判斷其組織學(xué)類型，因此需要做免疫組織化學(xué)染色來鑒別診斷。
第二、辨別轉(zhuǎn)移性腫瘤的來源。應(yīng)用免疫組織化學(xué)染色技術(shù)確定惡性腫瘤的組織來源，例如甲狀腺球蛋白提示腫瘤來自甲狀腺，表達(dá)前列腺特異性抗原提示腫瘤來自前列腺。
第三、用于檢測(cè)腫瘤細(xì)胞表達(dá)的激素及其相關(guān)蛋白，診斷和分類內(nèi)分泌腫瘤和神經(jīng)內(nèi)分泌腫瘤，或確定非內(nèi)分泌系統(tǒng)腫瘤的異常激素分泌功能。
第四、用于惡性淋巴瘤和白血病的診斷和分型。
第五、可以通過免疫組織化學(xué)染色提示增生細(xì)胞的良、惡性，或者評(píng)估腫瘤的生物學(xué)行為。