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核磁和CTA是兩種成像原理不同的檢查方法，核磁利用的是人體內大量的氫原子核在外加磁場的作用下運動而成象。
CTA應用的是放射線，它是檢查顱內段血管的CT檢查方法，在CT下靜脈注射造影劑之后進行動脈造影成像，并三維重建觀察動脈的一種檢查方法。核磁屬于無創(chuàng)性檢查，CTA屬于有創(chuàng)性檢查。
核磁可用于全身多臟器的檢查，其中對腦血管的檢查利用的是磁共振血管成像原理，通過流空效應對腦血管顯影。
雖然都可以用于血管病變的檢查，判斷血管有無狹窄和畸形，但是核磁的分辨率稍微比CTA差一些，對于血管檢查最準確的還是腦血管造影。