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嬰幼兒期出現的乳糖不耐受，主要是由于乳糖酶分泌的缺乏，或者乳糖酶的不足所導致的。引起乳糖酶減少的原因主要有兩類：
1、先天性的乳糖不耐受，主要是在新生兒期發(fā)病，屬于遺傳性的常染色體隱性遺傳病，所以是先天性的乳糖酶的分泌缺乏。
2、繼發(fā)性乳糖不耐受，主要是由于原來可以分泌乳糖酶，但是常常繼發(fā)于比如慢性腹瀉，如果小嬰兒慢性腹瀉的時間超過兩周，都會影響到腸黏膜的絨毛的作用，受損以后就不能夠很好的分泌乳糖酶，而導致繼發(fā)性的乳糖不耐受。