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CT掃描對于診斷脊索瘤具有一定的幫助，但是，為了完全確診，必須依據患者的臨床表現及CT、磁共振掃描，同時需要依據病理學檢查，綜合才能確診。
單獨的CT掃描只能高度懷疑脊索瘤的可能，除非CT掃描具有典型的臨床特征，比如CT掃描可以出現境界清楚的軟組織影，伴廣泛的骨質破壞，可以高度考慮是脊索瘤，因為脊索瘤CT掃描的典型特點就是境界清楚的軟組織影，伴廣泛的骨質破壞。但是，還需要依據患者是否有長期頭痛，并伴有多種腦神經損害等，才能確診。