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嬰兒巨細胞感染能不能康復，一般不容易全康復。出生時就有癥狀的患兒預后較差，30%-50%發(fā)生神經系統(tǒng)后遺癥，包括小頭、智力發(fā)育障礙、發(fā)育遲緩、學習和行為有問題、驚厥、腦癱等，聽力和視覺障礙比較常見。出生時沒有癥狀的巨細胞感染新生兒，最常見的后遺癥是感音性耳聾，發(fā)生率為7%-15%。所有發(fā)生非遺傳性感音性耳聾的兒童中約1/3是巨細胞感染引起的，癥狀性的巨細胞感染患兒50%發(fā)生巨細胞感染性耳聾。
巨細胞感染引起的感音性耳聾可能在新生兒聽力篩查時正常，在后期發(fā)生巨細胞感染性的耳聾，部分可發(fā)生前庭功能紊亂。近期研究顯示治療過程中患兒病毒載量持續(xù)維持較低水平，與近期和遠期的聽覺預后改善相關。目前已有學者將新生兒先天巨細胞感染與聽力篩查結合，早期發(fā)現感染并指導早期干預。頭部CT和MR就是核磁共振對預測預后有價值，有癥狀的先天性巨細胞感染患者中70%CT異常，CT正常的患兒無明顯智力障礙的發(fā)生。