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引起功能性腹痛綜合征的病因多種多樣，不同患者之間很少有相同的病因。

功能性腹痛綜合征發(fā)病多由不同原因?qū)е?，大腦-胃腸軸功能障礙，從而出現(xiàn)腹痛。早期不良的生活事件和社會心理應激，也容易導致產(chǎn)生疼痛感。遺傳因素、機體敏感性，特別是應激事件可誘發(fā)功能性腹痛綜合征?；颊呖赡苡懈共渴中g史、驚恐史、精神創(chuàng)傷史、痛經(jīng)史等。外周神經(jīng)損傷或中樞神經(jīng)系統(tǒng)對疼痛的調(diào)節(jié)異常引起腹痛，常見于腹部手術或妊娠分娩時盆神經(jīng)損傷。

此外，內(nèi)臟敏感性增加是胃腸功能性疾病重要的病理生理改變之一。