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引起膽管結(jié)石的原因多種多樣，其中膽道感染和膽汁淤積是膽管結(jié)石形成的基本條件。當膽道感染時膽管內(nèi)存在大量的細菌，會分泌很多黏液和酶，導致膽汁中的膽紅素過飽和，吸收結(jié)晶，逐步形成了結(jié)石。
如果患者有膽管梗阻、膽管狹窄、膽管內(nèi)的異物，比如蛔蟲卵，會導致膽汁淤積，不容易排出，又加速了膽管結(jié)石的發(fā)生，膽道感染和膽汁淤積對于膽管結(jié)石的形成是相輔相成的。
膽囊結(jié)石的發(fā)病率極高，膽囊結(jié)石容易通過膽囊管掉入膽總管，形成了膽總管結(jié)石，也是膽管結(jié)石的主要病因之一。某些地域因素也是膽結(jié)石的發(fā)病原因之一，在我國西南、華南、長江流域和東南沿海，存在著大量肝內(nèi)膽管結(jié)石的患者，其原因可能與這些地域的水質(zhì)以及飲食習慣相關。