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流行性乙型腦炎的傳播途徑主要是通過蚊蟲叮咬來傳播，能傳播流行性乙型腦炎的蚊蟲很多，現已被證實為庫蚊、伊蚊、按蚊的某些種類。國內的主要傳播媒介是三帶喙庫蚊，被感染的候鳥、蝙蝠等也可以是乙型腦炎病毒的越冬宿主。人群普遍易感，流行的季節(jié)80%-90%發(fā)燒于7月、8月、9月。
蚊蟲叮咬后病毒進入體內，被單核巨噬細胞系統繁殖，隨之進入血流。病毒感染后是否發(fā)病，取決于病毒感染的數量和毒力，更取決于人體的免疫力。當人免疫力比較強的時候，僅形成短暫的病毒血癥，而不侵入中樞神經系統，臨床表現為隱性感染或輕型病例。如果人體免疫力差，會突破血-腦屏障而侵入中樞神經系統，并繁殖，由病毒對中樞神經系統的直接作用和免疫性的損傷，導致腦炎的病變。因此，為了預防流行性乙型腦炎，主要是要加強滅蚊和防蚊，以及對易感人群進行疫苗接種。