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核磁共振和腦CT是兩種完全不同的影像學檢查方式，核磁共振主要利用的是外加磁場對人體進行掃描，它對人體沒有輻射，所獲得的頭部信息更多一些，比如可以對頭部進行各斷面的掃描，如冠狀面、矢狀面、橫斷面。
腦部的CT主要是利用放射線對人體進行掃描，一般對腦部進行橫斷面的掃描。目前比較先進的儀器可以進行后期的重建，重建成矢狀面等。掃描的重點是不同的，核磁共振一般對腦部的缺血性病變更為敏感一些，而腦部的CT則對出血性的病變更為敏感一些。