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治療間質瘤的藥物會首先選擇伊馬替尼，伊馬替尼可以做一線治療，可以做術前的治療和術后輔助治療，可以作為CD117陽性的病人，C-kit外顯子9突變的病人都可以選擇伊馬替尼治療。
另外如果伊馬替尼效果不好，可以選擇舒尼替尼，另外還可以再選擇瑞戈非尼。病人還要做基因檢測，看一看有沒有一些新的基因突變，因為間質瘤是由一些間充質細胞惡變