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慢性腸炎的鑒別診斷主要需要和腸結(jié)核、功能性腸炎、潰瘍性結(jié)腸炎以及胃腸功能紊亂等進行相關(guān)的鑒別，一般情況下建議患者做腸鏡可能相對比較直接、有效的判斷，必要時取病理活檢，可以明確相關(guān)的診斷。
而腸結(jié)核的診斷還可以通過痰查痰抗酸桿菌，抽血化驗血沉等進一步進行相關(guān)的鑒別。潰瘍性結(jié)腸炎也可以通過實驗性的藥物治療，比如通過柳氮磺胺嘧啶等對癥處理，如果效果明顯可以基本判斷是潰瘍性結(jié)腸炎。
還有一部分如果是細菌性痢疾造成的慢性腸炎可以通過針對性的抗生素進行治療，也可以試驗室診斷，細菌性痢疾的疾病診斷。
如果是神經(jīng)官能癥一般是完善相關(guān)的檢查后，沒有發(fā)現(xiàn)明顯的器質(zhì)性病變，才考慮功能性疾病的診斷。